Al irse escribiendo y borrando archivos continuamente en el disco duro, éstos tienden a quedar en áreas separadas, así, un archivo puede quedar "partido" en muchos pedazos a lo largo del disco, se dice entonces que el archivo está "fragmentado". Al tener los archivos esparcidos por el disco, se vuelve ineficiente el acceso a ellos.
Los archivos se representan con distintos colores, en un principio están fragmentados (esparcidos por todo el disco). Luego el proceso de desfragmentación va acomodando los archivos de tal manera que cada uno quede en un área contigua y no haya espacios entre ellos.
